Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2006 tentang Pemerintahan Aceh menetapkan kedudukan Aceh sebagai daerah provinsi khusus dalam sistem Negara Kesatuan Republik Indonesia dengan otonomi seluas-luasnya berdasarkan prinsip keislaman, keadilan, dan kesejahteraan. Aceh berhak mengatur dan mengurus urusan pemerintahan daerah sesuai qanun. Struktur pemerintahan Aceh terdiri atas Gubernur (Kepala Daerah) yang dipilih langsung oleh rakyat, DPRA sebagai lembaga perwakilan, dan Pemerintah Aceh sebagai pelaksana kebijakan.
Kewenangan khusus Aceh meliputi pembentukan qanun, pengaturan pelaksanaan syari'at Islam, pengelolaan sumber daya alam, perencanaan tata ruang, pembangunan infrastruktur, dan alokasi dana khusus termasuk tambahan dana bagi hasil minyak dan gas bumi sebesar 55% untuk minyak dan 40% untuk gas bumi, dengan minimal 30% dialokasikan untuk pendidikan.
Kewenangan Aceh dalam bidang keistimewaan dan kekhususan antara lain: (1) penentuan sistem pelaksanaan syari'at Islam secara menyeluruh, (2) pengaturan kehidupan beragama, (3) pembangunan pendidikan Islam dengan tambahan muatan lokal, (4) pengakuan ulama dalam penetapan kebijakan.
Diselenggarakan dengan asas ke-Islaman, kepastian hukum, kepentingan umum, kebukaan, dan akuntabilitas dalam penyelenggaraan pemerintahan. Lembaga khusus seperti Mahkamah Syar'iyah, MPU (Majelis Permusyawaratan Ulama), dan Lembaga Wali Nanggroe memegang peran strategis dalam menyelenggarakan keistimewaan Aceh.