Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2008 tentang Pelayaran menetapkan pelayaran sebagai sistem terpadu yang mencakup angkutan di perairan, kepelabuhanan, keselamatan dan keamanan pelayaran, serta perlindungan lingkungan maritim. Pelayaran dikuasai oleh negara dan pembinaannya dilakukan oleh Pemerintah melalui pengaturan, pengendalian, dan pengawasan.
Utama dalam regulasi ini adalah prinsip cabotage, yaitu kapal berbendera Indonesia wajib digunakan untuk angkutan laut dalam negeri oleh perusahaan angkutan laut nasional. Kapal asing dilarang mengangkut penumpang dan/atau barang antarpulau atau antarpelabuhan di wilayah perairan Indonesia.
Perusahaan angkutan laut wajib memiliki izin usaha sesuai peringkat pelabuhan yang dilayani. Tarif angkutan penumpang kelas ekonomi ditetapkan Pemerintah, sementara tarif angkutan barang dan jasa terkait disepakati antara pengguna dan penyedia jasa. Penerapan hipotek kapal dan piutang-pelayaran yang didahulukan menjadi kunci dalam penjaminan kredit dan prioritas klaim.
Sistem kepelabuhanan berbasis Tatanan Kepelabuhanan Nasional mengatur hierarki pelabuhan (utama, pengumpul, pengumpan) dan memastikan keterpaduan intramoda dan antarmoda. Otoritas Pelabuhan menjadi pengelola utama pelabuhan yang diusahakan secara komersial, sedangkan Syahbandar memiliki kewenangan tertinggi dalam pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran.
Regulasi ini juga mengatur ketentuan keselamatan kapal, pencegahan pencemaran, dan tanggung jawab pengangkut. Pelanggaran terhadap ketentuan peraturan ini dapat dikenai sanksi administratif atau pidana sesuai ketentuan Pasal 284-336.